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于1990年设立，其宗旨及奖励范围是对在福建省从事自然科学研究活动中有重大发明、发现，或对振兴福建经济和推动科学技术进步作出突出贡献者，给予物质奖励，以利祖国社会主义现代化的发展。奖金分为三等，每年颁发一次。1990至1993年已在福建省先后奖励25名科技工作者。1994年改为项目奖。5年来共发放奖金58．5万元，其中1994年发放奖金18万元。福建省王丹萍科技奖第九届颁奖大会，于1998年11月3日在福州举行。福建省农业科学院院长谢华安的“杂交水稻新组合汕优63”获一等奖，得奖金10万元。福建省血液病研究所吕联煌教授的“人类T细胞白血病病毒感染的系列研究”获二等奖；厦门大学新技术研究所杨晓文副研究员和泉州市农业科学研究所何曼试研究员获三等奖。