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1988年1月22日在北京成立，由陈嘉庚家族出资设立，其宗旨是发扬陈嘉庚为民族、为社会兴办教育的精神，促进中国科学技术和教育事业的发展。基金会设立陈嘉庚奖，共设立八个学科奖，主要奖励在数理科学、化学科学、生命科学、农业科学、医药科学、地球科学、信息科学和技术科学领域内做出突出成就的中国科学技术人员。基金会理事会会长由中国科学院院长周光召担任，副会长由厦门大学教授周绍民、北京大学教授吴相钰担任。1989年1月17日在北京举行首届颁奖仪式。10名在农业科学、技术科学和物质科学领域获得世界水平研究成果的科学家获奖，每项奖金人民币3万元。1995年度陈嘉庚奖于1996年6月7日在北京评选揭晓。物理学家黄昆、化学家梁树权、植物生理学家汤佩松、海洋生物学家张福绥、医学家姜泗长、大气物理学家叶笃正、空间自动控制学家李国豪获奖。